La Chapelle édifiée au début du XIIème siècle, ainsi que le Prieuré attenant, furent rattachés à l'Abbaye Bénédictine de Thiron suite à la donation de la Comtesse Agnès de Montigny en 1115.
En 1212, des enfants entraînés par le pâtre Estienne de Cloyes partent de la Chapelle d'Yron pour une Croisade en Terre Sainte qui se termine tragiquement.

A la Révolution, la Chapelle est vendue et transformée en grange à foin, mais le culte marital continue. Elle est rendue au culte en 1898.

La Chapelle est remarquable de par la sobriété de son architecture romane mais surtout par la qualité de ses peintures murales.
A la voûte du Chœur, le « Christ en Majesté » qui a été recouvert d'une composition identique au XIIIème siècle.
Sur le mur latéral gauche, « l'Adoration des Mages » ainsi que « la Flagellation du Christ » (ce dernier thème n'a que 2 représentations connues dont celle de la Chapelle d'Yron). Sur le mur latéral droit, le « Baiser de Judas » et sur celui de l'abside, les Apôtres figurés dans des arcatures peintes.
Il convient aussi de signaler une très belle Vierge à l'enfant en pierre polychrome du XIVème siècle.

Située à un kilomètre de la ville, près des sources de l'Yron. La Chapelle a été édifiée au début du XIIème siècle et classée Monument historique en 1929. De très importants travaux de restauration ont été réalisés récemment.

Logis du prieuré en totalité fut classé monument historique par arrêté du 24 Août 2004.